Funde aus dem studentischen Leben
Nach der Gründung der „Hohen Schule“ 1548 bezogen die ersten beiden Professoren gemeinsam mit den Studenten die früheren Klostergebäude. Nach der kaiserlichen Privilegierung 1557/58 setzte ein umfangreicher Umbau des Klosters unter Leitung des Landesbaumeisters Nickel Gromann (um 1500-1566) ein. Nun entstand das frühneuzeitliche Universitätsensemble, dass fortan das studentische Leben in Jena prägen sollte. Die Klosterkirche wurde durch den Einbau von drei Zwischengeschossen mit insgesamt 36 Stuben zum „Studentenwohnheim“. An die Kirche wurde ein Treppenturm angebaut, verziert mit einem ernestinischen Prunkwappen. Im Dachgeschoss der Kirche fand vorerst die kurfürstliche Bibliothek ihren Platz.
Die meisten Hinweise auf das universitäre Leben im Collegium Jenense wurden im Zuge der Ausgrabungen der Kirche entdeckt. Hierbei ist es durch die Aufdeckung von Fundamenten gelungen, die 1557/58 eingebauten Studentenzimmer nachzuweisen. Demnach lässt sich die Größe der einzelnen Zimmer auf rund 10 m2 berechnen.
Ein Glücksfall für die Archäologie ist die Tatsachen, dass bei den erneuten Umbauten in der Kirche 1592 der anfallende Bauschutt nicht verbracht, sondern in den Boden einplaniert wurde. Dadurch gelang es, aus dem Schutt eine große Menge an Alltagsgegenständen aus den Studentenzimmern aus der Zeit zwischen 1558 und 1592 zu bergen. Darunter befinden sich neben Töpfen auch Bierkrüge, Waschschalen, Wasserboiler, Räucherschalen, Buchbeschläge, Bestecke und Fragmente von Kruzifixen, die einen einzigartigen Einblick in das studentische Leben innerhalb der Kollegienkirche ermöglichen.
