Frühneuzeitliche Universität
Die weitgehend leerstehenden Gebäude des ehemaligen Jenaer Dominikanerklosters dienten bereits 1527 und 1535 der Universität Wittenberg als Unterkunft, als sie wegen der Pest nach Jena evakuiert wurde.
Als die Ernestiner nach der Niederlage im „Schmalkaldischen Krieg“ mit der Kurwürde auch die Universität Wittenberg verloren, rückte Jena erneut in den Blick der Krisenbewältigungsstrategie des bis 1552 in kaiserlicher Gefangenschaft lebenden ehemaligen Kurfürsten Johann Friedrich I. und seiner Söhne, der Herzöge Johann Friedrich II. und Johann Wilhelm: Die 1547 gegründete „Hohe Schule“ zog in die Klostergebäude ein. Nach der kaiserlichen Privilegierung 1557/58 setzte ein umfangreicher Umbau des Klosters unter Leitung des Landesbaumeisters Nickel Gromann (um 1500-1566) ein. Nun entstand das frühneuzeitliche Universitätsensemble. Die Klosterkirche wurde durch den Einbau von drei Zwischengeschossen mit insgesamt 36 Stuben zum „Studentenwohnheim“. An die Kirche wurde ein Treppenturm angebaut, verziert mit einem ernestinischen Prunkwappen, entworfen vom Hofbildhauer Hermann Werner von Freibergk, und einer lateinischen Inschrift des Professors Johann Stigel. Im Dachgeschoss der Kirche fand ein neues großes Auditorium Platz. Auch die bereits bestehende Bibliothek (heute Standort des Instituts für Anatomie), wo die aus Wittenberg nach Jena gebrachte kurfürstliche Bibliothek „Electoralis“ aufgestellt war, wurde erweitert. Zudem entstanden ein Sitzungszimmer für den Senat, Personalwohnungen und verbesserte Wirtschaftsgebäude.